Participam do Projeto Rondon instituições de Ensino Superior de todo o país, públicas ou privadas. Para participar a instituição deverá obter o convite de cada operação, divulgado no site do Projeto Rondon. O convite define a área de atuação, ações a serem realizadas pelos rondonistas e os municípios participantes de cada operação.

Cada instituição deverá elaborar uma proposta de trabalho que atenda às exigências do convite. A proposta deverá ter um diagnóstico com os problemas da região (ligados ao conjunto de ações escolhido) e descrever em detalhes como a IES pretende desenvolver cada uma das ações que se propõe a realizar. Para cada ação, a proposta de trabalho deve incluir as atividades previstas e, para cada atividade, os objetivos visados, a metodologia a empregar, o público-alvo, a carga horária destinada e o retorno esperado para a comunidade.